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Science:数据库中的测序突变是实验处理造成的
发布时间:2021-10-06
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本文摘要:一项研究认为在DNA样品中找到的一些序列变异实质上有可能是由样本处理过程中的受损导致的,来自NEB(NewEnglandBiolabs)的研究人员研发了一种新的运算方法评估这些受损,并建议在样品制取过程中用于DNA修复酶,借以缺失这个问题。这一研究成果发布在2月16日的Nature杂志上,文章的作者之一ThomasEvans回应,“这种受损比我们预期的更为广泛,”这样的错误很可能会误解确实的低频经常出现的体细胞变异。

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一项研究认为在DNA样品中找到的一些序列变异实质上有可能是由样本处理过程中的受损导致的,来自NEB(NewEnglandBiolabs)的研究人员研发了一种新的运算方法评估这些受损,并建议在样品制取过程中用于DNA修复酶,借以缺失这个问题。这一研究成果发布在2月16日的Nature杂志上,文章的作者之一ThomasEvans回应,“这种受损比我们预期的更为广泛,”这样的错误很可能会误解确实的低频经常出现的体细胞变异。我们大家都告诉,从留存时间宽的旧样品,或者福尔马林相同,石蜡包埋的的组织中萃取的DNA样品更容易再次发生脱落和化学修饰,造成产生活体生物中本身并不不存在的变异。但是近期的研究指出,事实上,任何DNA样本都有可能经常出现这种人为诱变的受损,比如DNA成像处置,即利用声能来加热用作扩充和测序的DNA片段,就有可能诱导引起变异的水解受损。

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这样的变异有时只在少数样品中经常出现,因此会导致多大后遗症。但是在癌症生物学中,目前更加特别强调亚克隆辨识,还有在血浆中检测权利肿瘤DNA的变异,这两者在样品中的比率都较小。“这篇文章是一个很好的警告文章,”并未参予该项研究的美国纽约斯隆/凯德琳癌症纪念研究中心分子肿瘤学家MarcLadanyi说道。

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NEB的研究人员LaurenceEttwiller等人设计了一种新的运算方法,计算出来DNA测序样本中这种受损的程度。这一算法的基础为:成像处置期间DNA再次发生的水解受损不会将鸟嘌呤转化成为8-氧代鸟嘌呤(8-oxoguanine),这在测序过程中会被当成胸腺嘧啶用。核对两条互补链的测序片段,这些变化了的鸟嘌呤就不会被指出是错配位点,一条链朗读胸腺嘧啶,但互补链表明的是胞嘧啶(能与鸟嘌呤筛选)。

另一方面,大自然不存在的鸟嘌呤-胸腺嘧啶变异又不会经常出现本身筛选的腺嘌呤。因此这一运算方法通过核对第一和第二测序结果,评估胸腺嘧啶的错配程度从而确认受损的程度。研究人员利用这种被命名为GlobalImbalanceValue(GIV,整体不均衡值,生物翻译官)的运算方法,检测了千人基因组和癌症基因组图集项目里的数据,结果找到千人基因组数据中41%都经常出现了命令受损的不均衡分数,癌症基因组图集项目堪称高达73%。


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